اعدام شیخ نمر باقر النمر، روحانی برجسته شیعی سعودی، با واکنشها و محکومیتهای گسترده‌ای روبرو شده است.

آیت الله ناصر مکارم شیرازی از مراجع تقلید با محکوم کردن اعدام شیخ نمر به دست رژیم ال سعود گفت: «می‌دانیم این جنایت انتقام شکست‌هایی است که آل سعود در عراق، سوریه و یمن دامن‌گیرشان شده است، ولی (سعودی‌ها) باید در انتظار شکست‌های مهم‌تری در این سه منطقه باشند.»
آیت‌الله سید احمد خاتمی، عضو هیأت رئیسه مجلس خبرگان رهبری، گفت: « دولت عربستان باید بداند که با این کار در حقیقت مهر پایانی به حکومت ننگین آنها زده خواهد شد.»
وی تاکید کرد: «دولت عربستان باید بداند به زمین ریختن خون‌های پاک در یمن و خون عالمی که دغدغه دین دارد قدم گذاشتن در راه فرعون و کفار قریش است.»